FlyUp перед сохранение во вкладке видео и аудио убедись, что установлены режимы обработки, Direct sream copy. Т.е. режим для копирования потока, все остальные режимы предназначены для преобразования потока согласно заданным кодекам компресии и указаным фильтрам.
Так как по умолчанию для видео стоит Full processing mode (полная обработка) и кодек сжатия не выбран — то у тебя сохраняется распакованное (RAW) видео, объем которого равен приблизительно Высота*Ширина*Глубина*Частота Кадров*Длительность фрагментов — то есть много...
PS: Вырезание фрагментов в Direct sream copy возможно только между ключевыми кадрами, а не на произвольном месте!